Le procedure analitiche utilizzate da ISO4 sono quelle generalmente utilizzate nei principali laboratori isotopici italiani e stranieri. Ogni analisi prodotta è certificata da un ente di ricerca universitario. In particolare la ISO4 ha stipulato apposite convenzioni per la certificazione delle analisi con il Dipartimento di Scienze della Terra dell'Università degli Studi di Torino e con l'Istituto di Geoscienze e Georisorse del CNR di Pavia.
Ogni campione consegnato presso il laboratorio viene registrato in un database informatico con un numero progressivo, insieme alle informazioni relative al committente. Di tutte le informazioni registrate viene creata una copia cartacea conservata negli archivi, mentre il database informatico è salvato su supporto estraibile a scadenza regolare.
I campioni vengono analizzati, per quanto possibile, nell'immediato, al fine di prevenire possibili frazionamenti isotopici; in ogni caso sono conservati con modalità in luoghi idonei. Tutti i campioni facenti parte della stessa ricerca vengono affidati ad un unico operatore in base alla sua competenza specifica. In ogni momento il committente può fare quindi riferimento ad un referente responsabile, individuato all'inizio della commessa, in grado di fornire informazioni relative allo stato di avanzamento delle analisi ed una consulenza specifica riguardo l'interpretazione dei dati.
Il campione viene sempre preparato in doppio e passato allo spettrometro due volte. Tutti i passaggi sono registrati dall'operatore su supporto informatico e cartaceo. Ogni tipo di analisi è caratterizzato da una incertezza specifica, stabilita sulla base di analisi ripetute degli standard interni. I dati ottenuti sul campione devono rientrare all'interno di questo intervallo prestabilito. In caso contrario, le analisi sono ripetute una terza ed una quarta volta. Il risultato inviato al committente sulla media dei risultati ottenuti.
Lo stato di efficienza delle linee di preparazione dei campioni e dello spettrometro di massa è verificato in ogni preparazione da uno o pi?ndard interni. Regolarmente vengono anche preparati gli standard internazionali certificati e disponibili.
La ISO4 partecipa agli esercizi di intercalibrazione organizzati periodicamente dalla IAEA (International Atomic Energy Agency) a livello internazionale, l'ultimo dei quali è stato il "3rd IAEA Interlaboratory Comparison for Stable Isotope Analyses of Water - Part I (Fresh water) and Part II (Soil water)" (WICO 2002).